Противоречия между подходами психотерапевта и фундаменталиста ведут к столкновению двух типов ценностей, когда религиозные убеждения кажутся терапевту неадекватными или когда религиозное учение используется для рационализации психопатологии или предрассудков. Среди современных примеров можно упомянуть оправдываемую Библией гомофобию, или половое неравноправие, когда мужчина ставится в позицию главы семьи, а женщина ему подчиняется. Библейская заповедь повиновения «своим мужьям» (Еф. 5: 22) рационализирует мужской шовинизм и даже садомазохистские наклонности. Если человек вырастает в атмосфере постоянной критики и унижения, ежечасно убеждаясь в том, что он – плохой, то ему очень легко поверить в идею всеобщей греховности, столь часто повторяемую с амвонов (Рим. 5: 12).